Как известно, Skype использует p2p сеть для обмена данными. Если у Вас достаточно мощный компьютер (или хороший/быстрый интернет), то Skype может решить сделать Вас Супернодом и, как следствие, скайп-трафик других участников сети будет идти через Вас.
Начиная с версии 3.0 программы, появилась возможность отключить такую «фичу», что бы чужой трафик скайпа не шёл через Вас.
Для этого необходимо залезть в реестр и создать там ветку:

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Policies\Skype]
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Policies\Skype\Phone]
"DisableSupernode"=dword:00000001

После перезагрузки системы новая настройка вступит в силу.
Для удобства можете использовать .reg-файл, который сам добавит необходимые параметры в реестр.